深圳；是；12个；3；京九线；沪昆线；京沪线；京包线；包兰线；兰新线
（1）香港的李先生从香港乘火车沿京九线，经过的经济特区是深圳，沿途经过江西省南昌；
（2）香港的李先生从香港乘火车沿京九线到南昌，沿沪昆线经杭州到上海，沿京沪线经南京、济南、天津，到北京，再沿京包-包兰线，途径呼和浩特、银川，到兰州，沿兰新线到乌鲁木齐，因此李先生沿途要经过12级行政中心；
（3）从香港经上海到北京，再到乌鲁木齐，沿途经过亚热带季风气候、温带季风气候、温带大陆性气候；
（4）从以上分析得知，李先生依次经过的铁路干线是：京九线、沪昆线、京沪线、京包线、包兰线、兰新线．
故答案为：（1）深圳；是；（2）12个；（3）3；（4）京九线；沪昆线；京沪线；京包线；包兰线；兰新线．
