3；甲和丙；减少误差；种子死亡或胚已被破坏或种子正在休眠期；甲；胚
设置对照实验时要有遵循变量唯一的原则，也就是说只有一个条件不同，其他条件都相同．所设置的变量即为我们所要探究的问题．
（1）本实验设计共有三组对照实验：甲与乙以水分为变量形成对照实验、甲与丙以光为变量形成对照实验、甲与丁以温度为变量形成对照实验．
（2）由于甲和丙两组中含有唯一的变量是光，因而，此组实验是为了探究光对种子萌发的影响．
（3）培养皿放入一定数量种子，因为这样可以减少其他因素的影响而导致的误差．因此用多粒种子做实验是为了可增加实验的可靠性，排除偶然性，增强实验的准确性．
（4）种子萌发的自身条件是要具有完整而有活力的胚，因而虽然具有种子萌发所需的外界条件，胚死亡的种子也不会萌发，此外，处于休眠期的种子也不会萌发；
（5）甲组种子具有种子萌发的外界条件：适宜的温度、适量的水分和充足的空气，因而能够萌发，还具有植物进行光合作用的条件光，因而能够很好的生长．
故答案为：（1）3；（2）甲、丙；（3）减少误差；（4）种子死亡或胚已被破坏或种子正在休眠期；（5）甲；胚．
