见解析
从设计对照实验的原则进行分析解答，变量的唯一性和设置对照组．
（1）本实验的目的是探究光对菜豆种子发芽的影响，甲、乙两培养皿形成一组对照实验，其变量只能是光，其余条件应相同．甲处于日光下，乙应处于遮光处，棉花的潮湿度相同．
（2）从实验结果看，甲、乙两组种子的发芽率基本相同，说明有光、无光菜豆种子都能正常萌发，即光对菜豆的发芽无影响．
（3）影响种子萌发的因素除外界条件外，还有种子自身的因素；能够萌发的种子必须具有完整且活着的胚，种子不处于休眠期．如果种子死亡、胚不完整、种子处于休眠期，即使具备适宜的外界条件，种子也不会萌发．
（4）菜豆种子在结构上包括种皮和胚两部分，胚又包括胚根、胚芽、胚轴和子叶．
故答案为：
（1）①遮光处（或黑暗处）；②潮湿
（2）光对菜豆的发芽无影响
（3）种子不完整、胚已死亡、种子处于休眠期
（4）胚
