A
解:(1)∵抛物线y=-(x+1)2+a的对称轴为x=-1,
又∵A(-2,y1)关于x=-1的对称点为A′(0,y1),
可见,A′(0,y1),B(1,y2),C(2,y3)在对称轴的右侧,
则y随x的增大而减小,故y1>y2>y3;故本选项正确;
(2)要了解全市居民对环境的保护意识,由于人员多,故应该采取抽样调查的方式;故本选项错误;
(3)由于甲组数据的方差S2甲=0.1,乙组数据的方差S2乙=0.2,则S2甲<S2乙,可知甲组数据比乙组稳定,故本选项正确;
(4)随机抛一枚硬币,落地后可能正面朝上,也可能反面朝上,故本选项错误;
(5)若某彩票“中奖概率为1%”,是一种可能性,购买100张彩票不一定会中奖一次,故本选项错误.
故选A.