见解析
红色素和蓝色素混合使花瓣表现为紫色，蓝色素和黄色素混合使花瓣表现为绿色，白色表示该化合物不是色素。若两纯合亲本杂交得F1，F1自交得到的F2中紫色：绿色：蓝色=9：3：4。根据F2中表现型可推测其基因框架，紫色A_B_E_，蓝色aabbE_，绿色A_bbE_，又因为F2中各表现型之和（9+3+4）等于16，所以F1应为双杂合，E、e基因在各种表现型中都表现显性，故(1)亲本的基因型可能是AABBEE和aabbEE或AAbbEE和aaBBEE。图示过程所体现的基因控制生物性状的方式是通过控制酶的合成来控制代谢过程，进而控制生物性状。
(2)若F2中的绿色植株A_bbEE，其中1/3为AAbbEE，2/3为AabbEE，其自交，其子一代中杂合子所占的比例为2/3×2/4=1/3。F2中紫色个体与白色个体杂交，其子代不能出现白色个体，理由是F2中紫色个体的基因型为A_B_EE，其与白色个体aabbee杂交后代一定含有E。
(3)在重复上述实验过程中，研究人员发现了一株发生“性状分离”的F1植株(部分枝???上开出了蓝色花)，该变异是细胞分裂过程中出现基因突变或染色体变异（即含A基因的染色体片段缺失）的结果。
(4)根据上述F2的表现型及比例只能证明其中的两对等位基因A、a和B、b分别位于两对同源染色体上，不足以做出上述三对等位基因分别位于三对同源染色体上的判断，若要进一步验证，实验设计思路：让白色纯合的植株与紫色纯合的植株杂交得到F1，F1自交，统计F2的性状表现及比例并据此做出判断。若上述三对等位基因分别位于三对同源染色体上，则F2的基因型应为3×3×3=27种。
