D
①分子晶体中不一定都存在共价键，如：稀有气体是单原子分子，在分子内不存在共价键，故错误．
②在晶体中有阳离子不一定有阴离子，如：金属晶体中存在的微粒是金属阳离子和自由电子，故错误．
③晶体中熔点高低一般顺序是：原子晶体＞离子晶体＞分子晶体；在原子晶体中，原子半径越大熔点越低；在离子晶体中，离子半径越大，熔点越低，电荷越多，熔点越高；在分子晶体中，物质的熔点与相对分子质量成正比（含有氢键的物质除外），所以这几种物质的熔点高低顺序是：金刚石、SiC、NaF、NaCl、H2O、H2S晶体的熔点依次降低，故正确．
④离子晶体中一定含有离子键，可能含有共价键，分子晶体中肯定没有离子键，故错误．
⑤采用沿X、Y、Z三轴切割的方法知，CaTiO3晶体中（晶胞结构如图所示）每个Ti4+和12个O2-紧邻，故正确．
⑥一个硅原子含有4个硅氧键，60gSi02的物质的量1mol，所以含Si-O键的个数为4NA，故错误．
⑦分子晶体中分子间作用力越大，分子越稳定，在离子晶体、金属晶体和原子晶体中不存在分子间作用力，故错误．
⑧氯化钠熔化时离子键被破坏生成自由移动的阴阳离子，故正确．
⑨一个白磷分子中含有6个P-P键，124g P4的物质的量是1mol，所以含有P-P键的个数为6NA，故错误．
故选D．
