A、被子植物的营养器官（根、茎、叶）和生殖器官（花、果实、种子）的形态结构特征，都可作为分类的依据．但主要以花、果实和种子作为主要依据．因为生殖器官比营养器官在植物一生中出现得晚，生存的时间比较短，受环境的影响比较小，形态结构也比较稳定．符合题意．
B、无种子高等植物以根茎叶等的形态结构特点作为主要分类依据，不符合题意．
C、微生物的分类依据有很多，如形态结构、生理特征、生活习性、血清学反应等．不符合题意．
D、自然界中的动物多种多样，我们要对动物进行分类，动物的分类除了要比较外部形态结构，还要比较动物的内部构造和生理功能．符合题意．
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